台湾联合号渔船在钓鱼台海域遭到日本舰艇撞沉，台湾民众将矛头直指李登辉。民众认为，如果不是“日本辉”长期对日本软弱，日本人就不敢在钓鱼台海域如此横行霸道。
　　
　　据中评社报道，对于日本舰艇竟然漠视台湾民众生命安全，将台湾渔船撞沉，让台湾民众怒不可遏。有民众callin到政论节目说，就是因为李登辉媚日，才让日本人为所欲为。该民众说，上世纪90年代，钓鱼台引发争议，当时台军特别密令当时的陆军空降特战第62旅挑选45位特战精英，以代号“汉疆演习”名义，计划空降钓鱼台，结果被李登辉以“破坏台日和平”为由阻止。自此之后，日本人在该海域更是横行无忌。
　　
　　另一位民众更是气愤说，李登辉曾公开说“钓鱼台是日本的”，就是这个“卖台辉”，出卖了钓鱼台。

    而新一届台湾地区领导人马英九没有令台湾民众失望，日舰撞沉台船事件发生后，明确提出放任赔偿要求，并强调了钓鱼岛主权归属中国问题。自6月10日日舰撞沉台船事件一开始，就和行政院、外交部、海巡署密切联系，对各机关所作的处置与因应措施，马英九都有所了解与沟通，他也尊重各机关所作的决定。

　　总统府发言人王郁琦12日原定上午11时30分发表声明，但因为内部就回应内容尚未作出定论，因此再三延后到下午4时才作声明。王郁琦表示，总统府的四点声明经幕僚研拟后，最后由马英九看过后定案，再对外作出回应，这四点声明代表了马英九的立场。

　　对于总统府为何拖到现在才对整起事件做出响应？王郁琦表示，外交部、海巡署等行政院相关部门处理的过程，总统府在很短的时间都已掌握，由于这属于行政院的处理范畴，总统府不宜太早表明态度。至于部会处理的态度是否太过软弱，王郁琦表示，“没有这样的感觉”。

　　总统府的四点声明如下：

　　一、钓鱼岛列屿是台湾的领土，地理上是台湾的附属岛屿，属于宜兰县头城镇大溪里。

　　二、台湾坚持维护钓鱼岛主权的决心从未改变，也绝不改变。此一立场，外交部十分了解并遵行。

　　三、对于日本政府船舰在台湾的领海，撞沉台湾的渔船，扣留船长，总统府要提出严正的抗议，并要求日本立即释放船长及提出赔偿，外交部已依据上述原则与日方继续交涉中。

　　四、总统府也要求海巡署立即强化编装，提升维护主权与捍渔权的功能。